Responsable : Stéphane Robin
Objectif : Lécologie s’intéresse aux relations que les espèces vivantes entre- tiennent entre elles et avec leur milieu. L’analyse et la compréhension de ces interac- tions passe fréquemment par une modélisation statistique impliquant des variables latentes (c’est-à-dire non observées) visant à décrire les structures et les processus qui sous-tendent ces interactions. L’objectif de ce cours est de présenter certains de ces modèles comme les modèles de distributions (jointes) d’espèces ou les modèles de réseaux écologiques. Les mo- dèles les plus simples sont des modèles linéaires généralisés, éventuellement mixtes. Les modèles plus complexes posent des problèmes d’inférence spécifiques qui peuvent être surmontées grâce à des généralisations de l’algorithme EM. Un des objectifs principaux de ce cours est la bonne compréhension de tels modèles et la définition d’un algorithme permettant d’en inférer les paramètres. Nous utiliserons également la représentation de ces modèles selon le formalisme des modèles graphiques qui permettent de comprendre la structure de dépendance entre les différentes variables (observés ou latentes) et de d’anticiper la complexité de l’algorithme d’inférence. Cette représentation est par ailleurs pertinente pour traiter le problème de l’inférence de réseaux écologiques, dans lequel il s’agit notamment de distinguer entre interactions directes ou indirectes entre les espèces. Certains des modèles présentés seront mis en oeuvre lors de séances de travaux dirigés sur machine. Ce cours vise notamment à apprendre à définir un modèle pertinent pour répondre à une question écologique, concevoir un algorithme permettant d’en estimer les paramètres et implémenter cet algorithme.
Prérequis : Notions fondamentales de probabilités et statistique, connaissance de R
Thèmes abordés :
Ressources : Moodle